שלום לך,
1. למחוק תוכן מהאתר אף פעם לא בריא, במיוחד לא כמות כזאת אדירה של דפים, למרות שהם היו משוכפלים עדיין עם אותם דפים משוכפלים הייתי במיקומים גבוהים אז כנראה זה לא היתה הבעיה לנפילה, להבא לא לעשות שינויים דרסטים במכה אחת, לאט לאט לשנות את האתר ולשמור על הקידום בריא
2. כלי מנהלי האתרים אומר שלא היה עונש אז לא היה עוהש, יכול להיות שיש שינויים באלגוריתם של גוגל ששינה לך את המיקומים ולא עונש מגוגל, תבדוק אם לא עשית משהו לא חוקי מבחינת הקידום שיכול לגרום לך לנפילות במיקום (כמו גם השינוי בסעיף הקידום שרשמתי)
3. לפני שינוי של URLS חשוב לעשות הפניות 301 מהכתובת הישנה לחדשה!
בהצלחה