אתה צודק לגבי העובדה שגוגל מהבחין בכפילות תכנים.
אבל למרות שהפתרון נשמע נכון הוא יפגע באתר.
וזאת משום שהפיכת תפריט האתר כלא נגיש ע"י JS וחסימתו בעזרת קובץ ה ROBOTS.TXT תפגע ביכולת של גוגל לסרוק את האתר ותפגע בזרם ה PR של האתר(שכן גוגל גם מתמודד עם JS נהדר).
במקרה שלך יש צורך לבדוק מה יוצר את כפילות התוכן, לאתר את הקישור הבעיתי, לטפל בו ולהסיר את הדפים הכפולים(או להשתמש בקנוניקל\NOINDEX+NOFOLLOW)