אם אני מבינה נכון את מה שאתה כותב - נודע לך שעמוד הבית מחזיר 404 והדרך בה זו נודע לך - היא ברשימת שגיאות הסריקה ב - Google Webmaster Tools? יכול מאוד להיות שהייתה בעיה שמנעה גישה לעמוד בזמן שבוצעו כל מיני שינויים באתר, אולם דובר בבעיה זמנית.
האם כרגע דף הבית מופיע בתוצאות החיפוש? ממתי גרסת המטמון שיש עליו בגוגל (אחרי התיקונים)? נסה ליתר ביטחון את Fetch as Googlebot בחשבון ה - Google Webmaster Tools שלך, תחת Labs.