לשאלתך, כן, העובדה שההיררכיה באתר חסומה ודורשת רישום פוגעת ביכולת של מנוע החיפוש לסרוק את האתר, ומעבר לכך משפיעה על מעבר ב PR(ערך הקישורים) לשאר הדפים החסומים באתר(אם נתעלם מהעובדה שישנה גם השפעה על חווית המשתמשים באתר).
לגבי פייסבוק תוכל לראות בפוטר התחתון שיש להם הפניה לאינדקס\תיקיה מלאה של המשתמשים ברשת, מה שממפה את הדפים ועוזר לגוגל לסרוק את האתר, כמו כן קח בחשבון שלפיסבוק יש המון קישורים לפרופילים, שמקשרים לפרופילים נוספים באתר.
עליך לחשוב על פתרון ידידותי למנוע החיפוש, בכדי שיוכלו לסרוק את האתר, לדעתי לספק תוכן ייחודי ובעל ערך ברמה השניה והשלישית, ולהתאים לכל רמה אזור רישום ייחודי ומותאם לקטגוריה באתר, מה שלא ישכפל את הדף נחיתה בכל מקצועות\נושאי הלימוד, יספק לגולשים הצצה לתוכן שבו, וידרבן אותם להירשם(זה ממש על קצה המזלג, היישום בפועל הרבה יותר מורכב וידרוש מחשבה מעמיקה יותר)
במקרה שלך, אין קישור למפת ה HTML של האתר, ולא נראה שגוגל זחל אליה(מאוד יכול להיות שקישור מהאתר הזה יגרום לו לזחול למפה)
