השאלה שלך קצת לא מובנת אבל אני מניח לעצמי שאתה מעוניין לבצע אופטימיזציה לכתובות האתר ולא לקישורים.
שינויי הכתובות כמעט תמיד משפיעות על קידום האתר, אבל אפשר למזער אותו עד למצב שלא מרגישים אותם כמעט.
בגלל שבמקרה שלך מדובר במערכת CMS- פרטית אני מניח, המתכנת שלך יכול לבצע אופטימיזציה לכתובות האתר.
באותה הדרך לבצע הפניות 301 מהכתובות הישנות לשימור ערך הקישורים לכתובות שהחלפת בשביל שיועברו לחדשות-תהליך שלוקח זמן ופה חשוב לבצע את מעבר באופן מחושב ואפילו בחלקים[לפי המלצה של הסרטון מבית גוגל, הוספתי אותו בסוף התשובה]
במקרה שאתה לא בטוח לגבי המעבר ואין לך מתכנת\מקדם שיעזור לך מציע לך להימנע מהשינוי כי במקרה של מעבר לא מחושב או לא מסודר אתה יכול לגרום לנזק שיפגע בדירוגים לתקופה ארוכה.
סרטון מומלץ בנושא המעבר אתה יכול למצוא בכתובת פה
http://goo.gl/AUOpB סרטון שפורסם לא מזמן שיציג לך הסבר בסיסי על שינוי כתובות-אומנם פה מדובר בשינוי דומיין אבל הקונספט לא שונה בהרבה