יכול בהחלט לפגוע אם התבנית החדשה בעייתית (כבדה, יוצרת דפים כפולים, משכפלת לינקים, משתמשת בניווט מבוסס תמונה בלי alts וכו'). יש תבניות שיוצריהן מצהירים בפירוש שנעשתה עליהן עבודה של התאמות SEO, ובהן בדרך-כלל יש פחות בעיות.
אני משתמש עכשיו בכמה בלוגים בתבנית הגנרית של WP3 והיא בסך-הכל טובה ויש מעט דברים לתקן בה.
בכל מקרה, מומלץ:
א. לבדוק את ביצועי האתר כיום ולבדוק שוב כשמעלים את התבנית החדשה. מקסימום אפשר להחזיר.
ב. אחרי החלפת תבנית לעקוב אחרי השגיאות שמוצא WMT ולתקן.