הטענה הזו אינה נכונה. מהות ההגדרה בחשבון ה - Google webmaster Tools היא לכוון את גוגל אל מבנה ה - URL המועדף עליך. בעיה עלולה להיווצר אך ורק אם ההגדרה שתבצע תבוא בסתירה לפעולות אחרות שאתה עושה.
לדוגמא:
הגדרה לפיה אתה מעדיף תצוגה עם WWW, לצד תג קנוניקל בכל האתר שמפנה לכתובת ללא WWW... או, דוגמא נוספת - הגדרה לפיה אתה מעדיף תצוגה ללא WWW, לצד הפניית 301 אל כתובת שמכילה WWW.
לסיכום - כדאי לבצע את ההגדרה לגבי ההעדפה שלך, גם אם אין באפשרותך לבצע 301.