בקצרה: אפשר להעביר אתר מכל פלטפורמה לכל פלטפורמה אחרת, צריך רק איש מקצוע שידע כיצד לעשות זאת כשורה וזה לא דבר שקל תמיד למצוא... לעיתים (בשל ההבדלים בסיומות קבצים המופיעים בכתובות האתר) לא ניתן להשאר עם הכתובות הקיימות ויש צורך לדאוג לביצוע הפניות 301 על מנת לשמר את הקישורים אל הדפים הפנימיים של האתר.
לגבי השאלה השנייה שלך, ודאי שזה יכול לפגוע, אבל זה לא מחייב. כעקרון, בטווח הקצר, כל עוד מנוע החיפוש לא עוקב בשלמות אחר ההפניות בין הכתובות (ישנות לחדשות) נוצר מצב ביניים בו מאונדקסות כפילויות לדפי האתר בגוגל. זמן זה מתקצר ככל שעובר הזמן וככלל ישנם אמצעים לתת לגוגל חיוויים ולקצר אותו עוד יותר. את התשובה לשאלה "האם זה יפגע במיקומי האתר של גוגל" לצערי, לא תדע אלא אם תכין אתר זהה בדיוק, אחד לאחד עם האתר המקורי (כולל הכתובות המדויקות, המראה, המבנה וקוד המקור- html) - דבר זה לרוב, אינו אפשרי. המטרה שלך, אם כן, בבניית אתר חדש תהיה לעשות את הדברים "טוב יותר" ממה שעשית באתר הישן ולפעול, בלי קשר, על פי כלל ההמלצות שגוגל מספקים במעבר אתר. (לצערי אינני מכיר מקום אחד בו ישנו פירוט לכלל ההמלצות אולם איש SEO מיומן מכיר את אלו)