לדעתי אין הבדל מהותי בין הטמעה בHEAD או בסוף ה BODY, פשוט מטעמי נוחות לפי אתר כזה או אחר. יש מערכות דוגמת לייב סיטי שיש לך קוד חופשי במערכת שם אתה מציב את האנליטיקס וזה מציב את הקוד אוטומטית באזור הHEAD, ויש מערכות שמציבות את זה -BODY.
בנוסף, זה פשוט יותר נוח כי חלקי HEAD / BODY, לרוב רצים על כל האתר ומספיק שתעדכן אותם פעם אחת עם קוד זה יעבור אוטומטית לכל דפי האתר במקום לעבור דף דם, זאת לדעתי הסיבה שהם ממליצים לשים את הקוד במקומות אלו ספציפית