לגוגל לא תהיה בעיה עם הקישורים, ובאופן כללי מה שאת רוצה לעשות סביר ולגיטימי. צריך רק להקפיד על יחס הגיוני בין הקישורים לתכנים המקוריים בסאבדומיינים.
מהו "היחס ההגיוני" - ובכן, בזה הספקולציה שלי טובה בדיוק כמו שלך, אבל אני חושב שדי בטוח להניח שעם רוב התוכן בסאבדומיינים (זכרי שגם הלינקים הם תוכן) יהיה מקורי אז העסק יעבוד. כלומר, אם על כל כמה הפניות ל-root יהיה דף תוכן מקורי בסאבדומיין, הדפים יתפקדו טוב.