באיחסון שיתופי לרוב ישנה אפשרות גיבוי מלאה דרך פנל הניהול. ממה שאני מכיר ניתן ליצור תיזמון אוטומתי לגיבויים ואפשרות להעברת עותק הגיבוי לשרת מרוחק. הגיבוי מתבצע "מיתוך" המערכת וסביר להניח שהוא בדוק באופן מספק ולא רץ מעל שרת הווב כך שהסיכוי לנזק למערכת נמוך מאד.
אם מדובר על שרת וירטואלי המצב אפילו טוב יותר, גיבוי בסיס הנתונים עם כלי מערכת כמו mysqldump וגיבוי פשוט של התיקייה המשמשת לשמירת האתרים (תלוי במערכת ההפעלה).