לא הבנתי מה פירוש "גוגל מכיר אותם חלקית".
מכל מקום, הבדיקה שעשית שגויה. קח מחרוזת רצופה של כ-10 מילים מתוך כל אחד מהדפים של כל אחד מהאתרים, מספיק ארוכה כדי שתהיה ייחודית לאותו דף, שים אותה במרכאות כפולות ותעתיק אותה לחלון החיפוש של גוגל. אם גוגל יתן לך את הדף בתוצאות החיפוש סימן שהוא קיים באינדקס של גוגל אבל ציון הרלוונטיות שלו ירד מאד, כנראה בעקבות שינויי האלגוריתם האחרונים.
לשאלה האם אין ברירה אלא לזנוח אותם ולהתחיל מחדש לא ניתן לענות תשובה מוסמכת על סמך המידע הדל שסיפקת. מה שבטוח הוא שאין טעם להתחיל מחדש באותה השיטה, או כל שיטה אחרת של יצירת קישורים מלאכותיים.